Cossack đã thành lập một pháo đài vào năm 1638, 90 km (56 dặm) về phía tây nam của thị trấn hiện đại. Tên của pháo đài "Verkhoyansky", tạm dịch từ tiếng Nga là "thị trấn trên Thượng Yana", xuất phát từ vị trí địa lý của nó trên thượng nguồn của sông Yana. Năm 1775, nó được chuyển đến bờ trái của sông Yana để tạo điều kiện thu thuế. Nó đã được cấp tình trạng thị trấn vào năm 1817. Giữa những năm 1860 và 1917, thị trấn là nơi lưu đày những tù nhân chính trị, với một số người bị lưu đày nổi bật hơn bao gồm nhà văn Ba Lan Wacław Sieroszewski, cũng như các nhà cách mạng Bolshevik Ivan Babushkin và Viktor Nogin.